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會計檔案保管期滿需要銷毀時，由本單位檔案部門提出銷毀意見，會同財務會計部門共同鑒定，嚴格審查。會計檔案是否達到保存期限，其中還有沒有未了結的債權債務的原始憑證，有沒有涉及到林地、房產的產權轉讓契約、證券、圖紙、有關貨幣收支的憑證，精簡下放、退職還鄉、公私傷亡、落實政策和救濟補助的支付憑證，供給制改薪俸制、工分制改為工資制的憑證，涉及外事的憑證，以及對處理歷史遺留問題有重要參考價值的原始憑證。如有上述情形的會計檔案，均應單獨抽出，另行立卷，由檔案部門保管到確無保管之必要時再銷毀。建設單位對于建設時間較長而又沒有完成建設任務的項目的會計檔案，不能銷毀。
會計檔案的銷毀程序是：首先，銷毀會計檔案要填制“會計檔案銷毀目錄”，將需要銷毀的會計檔案的“案卷標題、起止日期、目錄號、案卷號、原憑證號、卷內文件張數”逐項登記后，交檔案部門編入會計檔案銷毀清冊，按規定保存。其次，要根據審批程序審批。機關、團體、事業單位銷毀會計檔案應報本單位領導批準；國有企業經本企業領導批準后銷毀。再次，要按規定監銷。
各單位在按規定銷毀會計檔案時，應由檔案部門和財務會計部門派人員監銷；各級主管部門銷毀會計檔案時，應有同級財政部門、審計部門派人監銷；各級財政部門銷毀會計檔案時，應由同級審計部門派人監銷。監銷人員要認真負責，在銷毀會計檔案以前要認真清點核對，銷毀時要防止泄密、丟失。銷毀后，檔案部門、財務部門和各有關部門的監銷人員要在會計檔案銷毀目錄封面上簽字蓋章，歸檔保存，并將監銷情況書面報告本單位領導。
