一、長期以來，社會上對微生物肥料的看法存在一些誤解和偏見。
　　一種看法認為它肥效很高，把它當成萬能肥料，甚至揚言可以完全取代化肥；另一種看法則認為它根本不是肥料。其實這兩種都是偏見。國內外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產效果，合理應用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對非豆科農作物也有增產效果，而且有化肥達不到的效果。因此，我們認為它是肥料，又與傳統化肥和有機肥在概念和內涵上不同。
　　二、微生物肥料的種類按目前做生物肥料制品的功能可將微生物肥料主要分為兩大類：
　　1. 通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養的供應，從而改善植物營養狀況而導致增加產量。其代表品種為各種根瘤菌肥料，主要應用于豆科植物，使其能在豆科植物根、莖（葉）上形成根瘤，同化空氣中的氮素來供應給豆科植物主要氮素營養。
　　2. 其制品也是通過其中所含活的微生物生命活動導致作物增產，但關鍵作用不只限于提高植物營養元素的供應水平，還包括它們本身產生的各類植物生長刺激素對植物生長的刺激作用，拮抗某些病原微生物而產生的抑制病害作用，活化被土壤固定的磷、鉀等礦物營養，使之能被植物吸收利用，幫助植物根吸收水分及多種微量元素而導致的增產作用，加速作物秸稈腐熟及促進有機廢物發酵等作用。這些從廣義上都可稱為微生物肥料。
　　三、微生物肥料的特點微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成。
　　只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、強度及周圍環境條件密切相關，包括溫度、水分、酸堿度、營養條件及原生活在土壤中土著微生物的排斥作用都有一定影響，因此在應用時要加以注意。
　　四、微生物肥料的特殊作用微生物肥料還有一些其它肥料沒有的特殊作用。現簡介如下：
　　1. 提高化肥利用率的作用。隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據我國作物種類和和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
　　2. 在綠色食品生產中的作用隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，國內外都在積極發展綠色農業（生態有機農業）來生產安全、無公害的綠色食品。生產綠色食品過程中要求不用或盡量少用（或限量使用）化學肥料、化學農藥和其它化學物質。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象生長和提高品質：其次不造成施用對象產生和積累有害物質；三是對生態環境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。近年來，我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農產品污染，而且能夠改善農產品的品質。
　　3. 微生物肥料在環保中的作用利用微生物的特定功能分解發酵城市生活垃圾及農牧業廢棄物而制成微生物肥料是一條經濟可行的有效途徑。目前已應用的主要是兩種方法，一是將大量的城市生活垃圾作原料經處理由工廠直接加工成微生物有機復合肥料；二是工廠生產特制微生物肥料（菌種劑）供應于堆肥廠（場），再對各種農牧業物料進行堆制，以加快其發酵過程，縮短堆肥的周期，同時還提高堆肥質量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。
　　4. 改良土壤作用微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1％，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。