防治根腫病應采取綜合防治措施。最好實行水旱輪作或與非十字花科作物輪作3~5年，并結合深耕，可以有效地減輕病害的發生。此外可以增施石灰，降低土壤酸度，以降低發病率。蔬菜根腫病的藥劑防治措施如下：一是做好種子消毒。播種前用55℃溫水浸種15分鐘，再用10%氰霜唑懸浮劑2000~3000倍液浸種10分鐘，洗凈后播種。二是苗床消毒。可用50%的敵磺鈉可溶性粉劑500倍液或10%氰霜唑懸浮劑1000~1500倍液對苗床噴淋，淋土深度15厘米左右。三是種苗殺菌。種苗移栽前用適當濃度(15%)的石灰水或10%氰霜唑懸浮劑1500~2000倍液浸根或作定根水澆施，防止病菌侵入根系。四是移栽前對大田消毒滅菌。使用的藥劑有氟啶胺和譜菌特。氟啶胺噴霧混土進行土壤處理，是防治根腫病的高效藥，但濃度大時對幼苗根系生長有抑制作用，不宜作灌根等集中式施藥處理。60%譜菌特一般用750倍液噴施，用作大田土壤消毒處理，效果可達70%~80%。五是發病后噴藥防治。大田十字花科蔬菜呈現根腫病癥狀后，可用10%氰霜唑懸浮劑1500~2000倍液灌根，或用75%百菌清可濕性粉劑800倍液灌根處理，或用20%喹菌酮可濕性粉劑1000倍液，對發病株基部定點噴藥防治。