隨著農業的發展，微生物技術在農業上的應用范圍加大，效果也是非常顯著，動物糞便與作物秸稈是動物養殖與作物種植中的副產物，如何處理這些廢棄物讓當初所有農業工作者都頭疼的問題，而現在利用微生物技術可以將這些廢棄物變廢為寶，換一個領域大放光彩。

如何處理動物糞便是所有養殖者都關心的問題，糞便中含有大量的重金屬、氨氣、有害病雜菌、寄生蟲卵等有毒有害物質，流入到水體或*壤中會對環境造成極大危害，糞便中的臭味也會影響到附近居民的正常生活，因此，國家對養殖場的衛生標準非常嚴苛，稍有不慎就要停業整頓，甚至被有關部門查封，影響圈舍衛生環境的主要因素還是糞便。

對于一些中小型企業來說糞污處理設備投入太高，只得另尋出路。利用微生物發酵技術對糞便進行發酵，在發酵過程有益微生物可將糞便中的有毒有害物質消除，使有機肥更加安全，成為優質的有機肥料，就算自己用不到，這樣的肥料在市場上至少能夠以每噸五百元的價格出售，將原本需要需要經費才能處理的廢棄物變成能夠為養殖者帶來額外收入的“聚寶盆”。

玉米桿、麥稈等秸稈在種植業上與糞便原本的地位差不多，直接還田會增加*壤中的有害病雜菌數量，直接焚燒會對環境造成極大的危害，所以被國家明令禁止。

微生物技術也同樣可以運用在廢棄秸稈的發酵上，制作成有機肥，可將原料完全腐熟，不會造成燒根燒苗現象，還能直接為*壤提供大量有益微生物，維持*壤環境的微生態平衡。除此之外秸稈還能發酵成優質的動物飼料，經過發酵的秸稈飼料適口性更好，利用率更高，可代替部分精飼料，降低養殖過程中的飼料成本。

糞便與秸稈原本處理起來非常麻煩，稍有不慎就會對環境造成極大的危害，處理的成本也較大，但通過微生物技術，可將原本讓人頭疼的廢棄物變成優質的肥料與飼料，不僅解決了處理難題，還能為農業工作者提供額外的收入來源，提高經濟效益。