深圳市南方電子口岸有限公司負責深圳電子口岸平臺的建設和運營；由中國電子口岸數據中心、深圳市政府和深圳海關推薦代表機構共同出資成立，屬國資企業；構筑聯接政府與政府、政府與企業、企業與企業的統一公共信息平臺；以深圳周邊的進出口加工企業、物流企業和港口企業為主要服務對象，提供物流通關的相關服務；開展物流通關服務項目建設，提高深圳地區物流通關效率；2006年，公司被深圳市現代物流業建設領導小組評為“深圳市物流共同信息平臺建設示范單位”。
 

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