BSCI驗廠發現扣除員工工資，如果是以下幾項是合法的：

1、法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。該規定第16條還規定，因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定，要求勞動者賠償經濟損失，經濟損失的賠償，可以從勞動者本人的工資中扣除，但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%.若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。

2、宜家驗廠資料清單人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項保險費用;

3、人單位代扣代繳的勞動者個人所得稅;

4、宜家驗廠資料清單院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費;