真正的搜索引擎指的是由蜘蛛程序沿著鏈接爬行和抓取網站上的大量頁面。存進數據庫，經過處理，在搜索框輸入關鍵詞后，搜索引擎排序程序從數據庫中跳出符合搜索關鍵詞的頁面。
網站目錄是一套人工編輯的分類目錄，由編輯人員人工創建多個層次分類，可以在不同分類里提交網站，目錄編輯在后臺審核所提交的網站，將網站放置于相應的分類頁面。
區別一：收錄頁面數量
直接可以看出兩者之間區別是網站收錄數量，搜索引擎收錄數量要比目錄高出很多，但是在質量上相比，搜索引擎在乎是數量和種類，質量要稍微差一點。目錄收錄頁面準確性要好一點，而且關鍵詞提取效果也好一點。
區別二：數據更新速度
搜索引擎數據更新快，而目錄中收錄的很多網站內容十分陳舊，甚至網站可能已經不再存在了。
區別三：規模大小
對于目錄收錄網頁，只能通過網站的首頁，范圍較小，收錄到質量網站也受到限制，只有質量高的網站還可以獲得目錄的喜歡。對于目錄收錄地方，都是需要人力設計，耗費人力比較大。搜索引擎收錄范圍比較廣，可以從各個方面進行收錄。
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