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電子文件檔案管理工作當中，歸檔時間可以是文件辦理結案后，也可以是在階段性工作周期當中定時歸檔，在各級部門的電子文件檔案形成后，通過網絡傳輸給檔案管理部門，并用電子數碼簽名封簽認證，由檔案管理工作人員接收并登記，按照事由原則給出檔案分類號，設定訪問限制級別，進而實現用戶的隨時調取和訪問。電子文件檔案歸檔方式具有兩方面優勢，
其一，由于檔案歸檔較為靈活便利， 所以則有助于檔案的健全穩定，有效減少由于文件丟失而影響的檔案真實性。
其二，檔案完全電子化、數據化，管理人員僅需要通過計算機進行操作，即可實現對文件的調取和擺放，所以相對工作更加便捷高效，有助于提高管理工作效率。在傳統檔案管理工作開展當中，歸檔工作主要由檔案管理部門統一搜集表格和報告，所以工作周期較長，在進行實際的統計時，還需要以紙質材料作為依托，所以相對工作進展緩慢，歸檔時間較為局限。
電子檔案與傳統檔案管理歸檔方式不同：
電子文件檔案主要采用電子編碼技術，所以一旦在工作當中發生修改和刪除，則難以發現痕跡，并且由于電子文件依托硬件設備進行儲存，在硬件的移動當中，文件的真實性無法得到保障，所以為了提高電子文件檔案的可靠性，則需要在文件的形成和傳輸過程中，隨時進行數字簽名、信息認證、身份驗證和加密保護，而反觀傳統檔案管理歸檔方式，主要以采用紙質材料為主，雖然對原始文件難以進行改動，但如果材料發生更換，同樣會影響檔案的真實性。
